Siendo obispo Don Bernardino López de Carvajal, sucesor del Cardenal Mendoza, tiene lugar una nueva expansión, dando origen a nuevas calles: Seminario, Medina, Yedra y Guadalajara. Para ello se derribó parte de la muralla para dejar amurallado también el nuevo barrio que iba desde la Puerta de Medina (que fue trasladada) hasta el frente del cubo de la Calle Valencia. Construyéndose además el atrio de la Catedral, de manera que unidas las dos ciudadelas bajo una misma muralla, sin ninguna separación interior se culmina un nuevo proyecto. 

La ciudad durante los siglos XVI y XVII, durante la época renacentista y barroca y tras la unión de ambas ciudadelas y la creación del barrio humanista, deja también con calles más anchas una perspectiva en la que domina el castillo el cual fue también reforzado y armado con torres (torres gemelas) y almenas de manera que en lo alto de la ciudad impera majestuoso toda la muralla. El barrio judío desaparece quedando anexado al antiguo barrio comunal, siendo la vida en la ciudad más fácil, por la anchura de sus calles más próspera en negocios y comercios, provocando el abandono del barrio alto (hoy casco histórico) donde las calles eran más estrechas y empinadas.